アップロードしたPDFに「フォントが埋め込まれていない」可能性があります。クラウド本棚ではPDFにフォントが指定されていない場合、代替フォントを使用するため、アップロード前後で差異が発生することがあります。「フォントが正しく埋め込まれたPDFファイル」をアップロードするとこれらは発生いたしません。文書作成やPDF編集時には「フォントを埋め込む」のような項目に必ずチェックを付けたうえで作業をご実施ください。