おそらく、PDFアノテーションを利用して追加されたオブジェクトだと思われます。クラウド本棚では、PDFアノテーションは基本的に表示されません。ただし、SideBooksアプリにて、「読み込み完了してから開く」を実施した場合、PDFアノテーションは表示されます。