はい、できます。Safari以外のブラウザを使ってブラウザ版のクラウド本棚にログインし、画面分割します。
また、iOS版SideBooksアプリでは、ファイルの表紙を長押しして表示されるメニューから「ブラウザで開く」をタッチするとSafariが起動します。