iOS版SideBooksに限って、手書きメモを反映したファイルを取り出すことができます。ただし、SideBooksの機能ではなく、iOSの機能になります。iOSの仕様変更により、手書きメモを反映したPDFを取り出すことができなくなる可能性がある点、ご了承いただきますようお願いいたします。
▼ 手順
1. メモを記入したファイルを開く
2. 画面の真ん中を触れてメニューを表示させる
3. 上部メニューの左から2番目「アクション」をタップ
4. アクションメニューの中の「プリント」をタップ
5. 印刷プレビューに表示される画像を2本指で拡大する
6. 右上の「四角と上矢印のアイコン」をタップ(見づらいかもしれませんが存在します)
7. 「ファイルに保存」をタップ
8. 追加する場所を選択する
9. 出現している小窓の右上「追加」をタップ ( ダークモードにすると見えます、ライトモードだと見えませんが存在しています
上記の操作により手書きメモを反映したPDFを保存することができます
この後は、ファイルアプリから別のアプリを経由するなどして、パソコンへファイルを移動することができるかと思います

また、Android版SideBooksアプリでは、手書きメモを反映したPDFファイルを取り出すことができません。