【破れた表紙になった原因】
容量がいっぱいになると、iOSは各アプリの持つキャッシュファイルを自動で削除することで
空き容量を確保しようとします。SideBooksの表紙画像などは、このキャッシュに当たります。
そのため、iOSに削除され、破れた表紙になったのだと思われます。

破れた表紙のファイルの表紙を再生成する方法は、次の通りです。
しおり、メモなどが消える方法もあります。ご注意ください。

【ファイルのプロパテイで表紙画像を変更】
1. 2ページ目を表紙画像に指定
2. 1ページ目を表紙画像に指定
1ファイルずつ操作する必要があり、手間がかかりますが、しおり、メモなどの情報が維持されます。

【破れた表紙のファイルをSideBooksに新規ファイルとして再認識させる-方法1】
※ 一括で処理できますが、しおり、メモなどの情報は消えます
1. iTunesを利用して、SideBooks内の破れた表紙のファイルをパソコン上にコピーする
2. iTunesを利用して、SideBooks内の破れた表紙のファイルをSideBooks上から削除する
3. iTunesを利用して、1でコピーしたファイルをSideBooks内に追加する

【破れた表紙のファイルをSideBooksに新規ファイルとして再認識させる-方法2】
※ しおり、メモなどの情報は消えます
1. iTunesを利用して、SideBooks内の破れた表紙のファイル名を変更する

【破れた表紙のファイルをSideBooksに新規ファイルとして再認識させる-方法3】
※ しおり、メモなどの情報は消えます
1. iTunesを利用して、SideBooks内の破れた表紙のファイルが存在するフォルダ名を変更する

【破れた表紙のファイルをSideBooksに新規ファイルとして再認識させる-方法4】
※ 一括で処理できますが、しおり、メモなどの情報は消えます
1. SideBooksアプリにて、フォルダを作成する
2. 破れた表紙のファイルを1で作成したフォルダ内に移動する
3. iTunesを利用して、1で作成したフォルダの名前を変更する (ex. 新規フォルダ2など)
4. SideBooksアプリからファイルを配置し直す